Wanneer Eike wordt aangevallen en vermoord, wordt hij ergens in het donker wakker op een plaats waar hij kennis maakt met een vreemde schimmige figuur genaamd Homunculus. Deze biedt hem uitnodigend een kans aan zijn 'lot te veranderen', oftewel terug in de tijd te reizen naar een aantal verschillende tijdperken uit de geschiedenis. Hij moet echter eerst terug naar de plaats van zijn eigen dood, een koffiehuis, waar hij precies een half uur voor zijn moord arriveert.

En zo krijgt hij de mogelijkheid om binnen die korte tijd zijn moord te voorkomen. Lukt het Eike deze keer in leven te blijven? Shadow of Memories is een spel vol ouderwetse, tastbare spanning gecombineerd met uitdagende puzzels en een meeslepend avontuur. Het is net alsof je naar een film zit te kijken: met name het middeleeuwse Europa, waar het grootste deel van het spel zich afspeelt, is prachtig nagebootst.