De Plutonians, een ras van grijze aliens waartoe de hoofdrolspeler van het spel, Xed, behoort, bewonen de planeet Pluto van het zonnestelsel. De Plutoniërs, een technologisch zeer geavanceerde soort, werden geconfronteerd met een probleem dat de toekomst van hun beschaving bedreigde: overbevolking .

Geconfronteerd met de gevolgen van extreme overbevolking, ontdekten de Plutoniërs dat hun enige oplossing was om andere planeten in het zonnestelsel te koloniseren door middel van terraforming : onvruchtbare, onbewoonbare planeten veranderen in bloeiende, gastvrije werelden. Dus, de hoofdwetenschapper van de Plutonian, en Xed's sidekick, Doc, initieert het Terracon-project.

De Terracon bestond uit een enorme, biologische computer ; een synthetisch brein dat in staat is om efficiënt het legioen van Terracon-machines te besturen die nodig zijn om de barre omgevingen van de planeten te terraformen en te temmen. Ondanks zeer wisselende mate van succes bij terraforming, waarbij sommige planeten gastvrijer waren gemaakt dan andere, werd het streven als een succes beschouwd, en de tijd brak aan om de Terracon te sluiten, maar niet alleen omdat de Terracon zijn doel had bereikt.

Toen de Terracon een gevoel van zelfbewustzijn begon te ontwikkelen , achtte het Plutoniaanse comité het noodzakelijk om de Terracon te beëindigen, uit angst dat de nieuw ontdekte intelligentiekracht uit de hand zou lopen.

Voordat Xed een trainingssessie moet beginnen, laat Doc Xed weten dat ze onvrijwillig lijken te zijn uitgeschakeld door de Terracon.

Daarna gaan zowel Doc als Xed aan boord van het moederschip van de Terracon om het persoonlijk te ontmoeten, en proberen ermee te redeneren en uitleggen waarom het moet worden stilgelegd. Doc legt uit dat het Plutoniaanse comité besloot om de Terracon in het geheim te sluiten, zonder voorafgaande kennisgeving, maar gezien de voorbeeldige service van de Terracon koos hij anders. Hoe dan ook, de Terracon verwerpt de stopzettingsbevelen van Doc, keert de procedure om en doodt hem met een schot van een Terracon-machine.

Xed ontsnapt ternauwernood aan twee achtervolgende machines voordat hij zijn dropship bereikt. De Terracon, in zijn eerste daad van wraak, gaat verder met het vernietigen van de thuiswereld van de Grijzen en zegt: 'Bij mijn vuur zal alles ongedaan worden gemaakt!' Terwijl het Terracon-moederschip opdoemt boven de overblijfselen van de vernietigde planeet, verbergt Xeds dropship zich aan de zijkant van een deel van de overblijfselen van de planeet. Terwijl Xed uit het raam kijkt, wordt hij geconfronteerd met het grimmige uitzicht op de levenloze lichamen van zijn volk, zwevend in de ruimte.

Later, aan boord van zijn dropship, rouwend om de vernietiging van zijn soort, wordt Xed tot zijn verbazing opgewacht door een hologram van Doc. Doc legt uit dat hij zijn bewustzijn heeft geüpload naar Xed's dropship als 'kleine voorzorgsmaatregel'. Doc vertelt Xed dat de enige manier om de Terracon te vernietigen is door de raketafweersystemen van de geterraformeerde planeten ertegen te keren . Doc informeert Xed dat de raketsystemen afhankelijk zijn van het verzamelen van lanceercodecartridges (of LCC's). Doc legt echter uit dat de patronen om veiligheidsredenen over alle geterraformeerde planeten zijn verspreid.

Xed, geleid door de nu holografische Doc, begint vervolgens aan een reis door het zonnestelsel om alle vereiste LCC's te vinden en te verzamelen, verspreid over de geterraformeerde werelden van Venus , Jupiter , Neptunus , Uranus , de aarde en verschillende manen .

Na het verzamelen van alle LCC's voor elke planeet, start Xed de schietvolgorde voor de verdedigingssystemen van de planeet, gericht op het Terracon-moederschip. Bij elke lancering van de systemen loopt de Terracon steeds meer schade op.

Na de laatste aanval op de Terracon, gelanceerd vanaf de aarde, maakt het Terracon-moederschip, ernstig beschadigd, een noodlanding op de maan van de aarde, voorafgegaan door een immense explosie. Op aarde viert Xed de vernietiging van de Terracon met de vroege mensachtigen, die de planeet bevolken. Xed en de vroege mensachtigen kruisen elkaar om een nieuwe soort te creëren: de moderne mens .

Op een niet nader bepaald punt in de toekomst zien we twee Britse astronauten de maan verkennen. Een van de astronauten, die een diepe grot heeft ontdekt, wenkt de ander om samen met hem op onderzoek uit te gaan. Terwijl het stel astronauten zich in de grot begint te wagen, onthult een wandeling naar de diepten van de grotten de laatste overblijfselen van de Terracon-module, met daarin de Terracon die nog in leven is.