Als Naruto het kasteel binnendringt om uit te vinden wie achter dit verschrikkelijke complot zit, komt hij oog in oog te staan met dreigende illusies, visioenen uit het verleden en een vreemde gemaskerde vrouw die het heeft voorzien op de Leaf Ninja. Bijgestaan door zijn vrienden verzamelt Naruto al zijn moed, doet hij een poging het geheim van het kasteel te ontrafelen en gaat hij de strijd aan met zijn sterke nieuwe vijand.

Het gevechtssysteem is afgekeken van de Ultimate Ninja-series voor PlayStation 2 en met een exclusieve verhaallijn, gloednieuwe Jutsu en vormgeving, grootse gevechten en een draadloze multiplayer is een nieuw Naruto-avontuur voor PSP geboren.